近年来，哈尔滨工程大学审计处紧紧围绕高校建设、发展及中心工作，不断探索新的审计工作模式和方法：完善组织结构，规范审计工作，全面提高审计工作质量；加强理论实务学习，提高队伍素质，进一步加强审计理论研究；积极开展灵活多样活动，促进创新成果转化；着眼预防，促进规范，继续实施事前审计和重点项目全过程跟踪审计工作；强化过程控制，注重综合分析，全程审计，滚动实施；规范推进，构建科学的经济责任审计工作体系；发挥内审职能，提升审计内涵，实现增值性审计目标。
经过相关专家和领导的综合评审，黑龙江省审计学会对推动我省审计理论研究工作健康有序发展做出突出贡献的33个单位（含各级审计机关、内部审计单位和下属审计学会）进行了表彰，哈尔滨工程大学审计处被授予省审计学会“先进集体标兵”。